クラッシュ・バンディクーなんと、タウナにフラレてしまったクラッシュ。
新しい彼女を作るため、ココのトレーニングを受けて、たくさんの新アクションを身につけた。
ハイジャンプ、スライディング、ボディープレス・・・前作とは比べ物にならない技の数々を駆使して、２度目の冒険に出発！
クラッシュ・バンディクー２ コルテックスのぎゃくしゅう！
メインキャラクター
クラッシュ・バンディクー
なんと、タウナにフラレてしまったクラッシュ。
新しい彼女を作るため、ココのトレーニングを受けて、たくさんの新アクションを身につけた。
ハイジャンプ、スライディング、ボディープレス・・・前作とは比べ物にならない技の数々を駆使して、２度目の冒険に出発！
ココ・バンディクー
前回のヒロイン、タウナはデザイン等がちと過激すぎた（？）ため、ニューヒロインのココが誕生した。
彼女はコルテックスのネットワークに侵入し、洗脳マシーンの設計図を発見。
コルテックスに騙されているクラッシュになんとかこの事を伝えようとするのだが、通信が途絶えて思うように行かない。
アクアク
前作でクラッシュと共に冒険を繰り広げたアクアクは、今回もサポートキャラとして大活躍する。
ダメージから身を守ってくれる、３枚で無敵になれる・・・というシステムは前作同様。
さらに今作から音声による助言を与えてくれるようになったため、親近感もアップした。
ネオ・コルテックス
今回のコルテックスはクラッシュを騙そうと必死。ひたすら嘘をつきまくり、クラッシュにパワーストーンを集めさせる。
しかし、ココの活躍もあって、最後には苦しい状況に追い込まれる。ラスボスは、もちろんコルテックス。
ビッグパワーストーンを持って逃げようとするコルテックスを、ジェットパックで追いかけるのだ！
ニトラス・ブリオ
コルテックスを裏切り、彼への復讐に燃えるブリオ。
パワーストーンを集めるクラッシュを制止し、ダイヤを集めるように忠告する。
４２個のダイヤを全て入手すると、ブリオのレーザー砲が完成。これでコルテックスの野望を完全に阻止する事ができる。
エヌ・ジン
裏切り者のブリオに代わってコルテックスの参謀を務める。ボスとしては４番目に登場。
パワーストーンの受取人として送り込まれるが、徐々に不信感を抱き始めたクラッシュと、成り行きでバトルに突入する。
自慢の戦闘メカ『ＤＯＨＣ ＮＧＩＮ』に乗り、ハイテクな攻撃で攻めるものの、リンゴをガンガンぶつけられて敗北。
タイニータイガー
３番目のボスとして登場。ひたすらタイニーの追跡から逃げ、穴に誘導して落っことす・・・という方法で倒す。
キャラ的には前作に登場したコアラコングと同じポジションだが、インパクトが強かったせいか、
この後のシリーズでは圧倒的にタイニーの出番のほうが多くなる。
コモド兄弟（コモド・ジョー/コモド・モー）
２番目のボス。２人を相手に戦うというボス戦は非常に斬新で、他とは一味違うバトルが展開される。
兄のジョーはコマのようにクルクルと回転し、クラッシュを追いかけ回す。
弟のモーは円形ステージの中央にドッシリと構え、連続で剣を投げてくる。
回転しすぎてダウンしたジョーにスピンで攻撃すれば、モーにぶつかって２人同時にダメージを与えられるというワケ。
リパー・ルー
前作にも登場したリパー・ルーが、クラッシュへのリベンジに挑む。今回は最初のボスとして登場。
シルクハットをかぶり、立派なヒゲを生やして、すっかり雰囲気が変わったが、やる事は以前と大して変わらない。
自分で仕掛けた爆弾パネルによってダメージを受ける・・・という自滅に近い行動パターンで、勝つのはさほど難しくない。
ポーラ
前作のイノシシに代わって、クラッシュを乗せて走る役目を任される。
小さいながらも一生懸命に走るその姿は、なんともプリティー。
ちなみにワープルーム２の『しろくま ダッシュ』前にいるポーラを何回も踏むと、裏技っぽい事が起こる。
その他のキャラクター
パパぐま
ステージ１５『にげろや パパぐま』に登場。ものすごい形相でクラッシュを追いかけてくる。
ポーラのお父さんらしいが、後半ではポーラに乗って逃げるため、実際は息子も襲っている事になる？
グリン
シリーズでおなじみのザコキャラ、グリンも今作が初登場。
スピンアタックで攻撃するヤツと、斜面を腹滑りしてくるヤツとがいる。後者は２、３匹が連続で現れる場合が多い。
研究員・作業員
ボワボワ作業員、さむがり作業員、ハンティング作業員、ドカドカ作業員、シールド研究員、ビリビリ宇宙研究員の６種類。
ご覧のとおり、今作では作業員タイプのほうが多くなっている。
おなじみの「ギャア〜〜〜！！」という叫び声が聞けるのは、ボワボワ作業員、シールド研究員、ビリビリ宇宙研究員の３人。
ゲーム本編には登場しないキャラクター（ストーリーにかかわってくる）
タウナ・バンディクー
前作でクラッシュに助けられたのに、クラッシュを置いてピンストライプのもとへ行ってしまった。
タウナにフラレた事が原因で、クラッシュはトレーニングによって数々の新技を習得する。
その後タウナがピンストライプとどうなったのかは知らないが、説明書の挿絵ではラブラブになっていた。
ピンストライプ
クラッシュから最愛のタウナを奪う。どうやら『１』の時、捕らわれの身だったタウナを口説いていたらしい。
クラッシュと戦った後はアメリカのシカゴへと移り住んだようで、タウナもこれを追ってシカゴに渡ったものと思われる。